Das Isergebirge gehört ins Gebiet der mitteleuropäischen Waldflora und die westlichsten Gebieten Sudetenflora (Sudeticum). Man kann hier zahlreiche Torfmoore mit einer Menge von seltenen Pflanzen finden. Viele Pflanzen des Isergebirges sind die botanischen Raritäten z.B. verbuttete Birke.
In der Vergangenheit war das Gebiet des Isergebirges überwiegend mit Buchenwäldern und gemischten Wälder (Fichten, Tannenbäume, Buchen) bedeckt. Heute kann man hier Buchenwälder und gemischte Wälder finden, aber die Tannenbäume fehlen. Das Kräuterunterholz ist wegen dem saueren Boden und dem feuchten Klima ziemlich arm. Die umfangsreichen Laub- und Gemischtwälder sind die am besten erhaltenen im nördlichen und westlichen Isergebirge.
In höchsten Lagen des Isergebirges kommen natürliche Fichtenwälder vor. Für sie ist das mächtige Kräuterunterholz typisch. Das Unterholz bilden vor allem Blaubeeren, Farnkräuter und Moose. Typischer Muster diesen Fichtenwälder kann man auf dem Berg Černá hora sehen. Der zweite Typ von Fichtenwäldern sind die zahlreichen feuchten Fichtenwälder in Torfmooren. Hier kommen meistens Moose, Flechten und weitere feuchtliebenden Arte vor. Der beste Muster sind die Naturschutzgebieten Nová Louka (Neue Wiese) oder Velká jizerská louka (Große Iserwiese).
Torfmoor Na Čihadle
Sehr kaltes und feuchtes Klima des Isergebirges ist ideal für die Entstehung von Torfgründen. Sie entstanden vor 6000 Jahren am Ende der letzten Eiszeit. Die Torfschichten sind im Isergebirge von ein paar Zehnen Zentimetern bis ein paar Metern dick. Auf den Torfgründen wachsen keine Hochbäume, aber man kann hier auch die Pflanzen, die nur hinter dem Polarkreis vorkommen, finden. Am Rande von Torfgründen können schon die Bäume, vor allem Kiefer, Knieholz und Birke, wachsen. Im Gebiet des Isergebirges befinden sich etwa 50 Torfgründe.
Die große Sehenswürdigkeit bilden die Moorgründe. Sie sind ähnlich wie die Torfgründe, aber haben den größeren Inhalt von Mineralstoffen. Deshalb sind sie typisch für ihre vielfältigen Pflanzen. Die Moorgründe kann man in der Umgebung von Horní Lučany und Bedřichov finden.
Die Flora in der Umgebung von Frýdlant ist ein bisschen anders als im Isergebirge. Die Waldvegetation bilden vor allem blumige Haine. Auf großen Flächen des Gebiets sind die Kulturwiesen.
Die Wiesen des Kamms Ještědský hřbet sind reicher. Die reichsten Pflanzengemeinschaften kann man auf den Kalksteinen, vor allem auf dem Kamm Hlubocký hřeben. Die Wälder des Kamms Ještědský hřbet bilden Fichten und Buchen.
